1. 面试官：请解释序列比对的基本概念，并说明其在计算生物学中的重要性。

2. 面试官：介绍一种常用的序列比对算法，以及它的优缺点。

3. 面试官：如何评估序列比对算法的性能？请举例说明。

4. 面试官：讨论在序列比对中如何处理序列长度不同造成的挑战。

5. 面试官：举例说明基因组序列比对中的局部比对和全局比对的区别。

6. 面试官：探讨序列比对中的空位罚分是如何设置的，以及对算法结果的影响。

7. 面试官：研究序列比对算法如何处理基因组中的重复元素。

8. 面试官：讨论序列比对中的多序列比对与双序列比对的应用场景及存在的挑战。

9. 面试官：探讨序列比对中的局部优化算法和全局优化算法的区别。

10. 面试官：如何利用序列比对结果进行进化分析？请说明分析方法和步骤。