1. 面试官：系统生物学分析中，如何利用转录组数据进行基因表达差异分析？请详细描述分析步骤。

2. 面试官：请解释什么是基因共表达网络分析？它在系统生物学研究中的作用是什么？

3. 面试官：介绍一种常用的蛋白质互作网络分析工具，并解释其原理和应用场景。

4. 面试官：如何利用基因表达数据构建调控网络模型，并探讨其在疾病研究中的潜在应用？

5. 面试官：什么是系统生物学建模？请结合一个具体的生物学现象解释系统生物学建模的思路和方法。

6. 面试官：系统生物学中常用的代谢网络分析工具有哪些？分别介绍其特点和优缺点。

7. 面试官：探讨在系统生物学研究中遇到的数据整合和分析难题，并提出解决方案。

8. 面试官：系统生物学中常用的生物信息学数据库有哪些？请选取一个数据库进行深入介绍。

9. 面试官：详细解释什么是拓扑分析在生物网络研究中的应用？请给出一个拓扑分析的具体案例。

10. 面试官：如何利用系统生物学方法揭示复杂疾病的发病机制？请结合当前研究进展进行说明。