1. 面试官：请解释序列比对的基本原理以及在生物信息学中的重要性。

2. 面试官：探讨序列比对中常用的算法，包括全局比对算法和局部比对算法，并比较它们的优缺点。

3. 面试官：谈谈在实际应用中如何选择合适的序列比对算法以及评估序列比对的质量。

4. 面试官：如何处理较大基因组的序列比对问题？请介绍一些用于加速大规模序列比对的高级工具和技术。

5. 面试官：解释多序列比对的概念，并说明其在演化分析和功能注释中的作用。

6. 面试官：讨论序列比对中的gap处理策略，包括开放和封闭gap的影响以及如何优化gap插入的位置。

7. 面试官：探讨在蛋白质序列比对中的一些复杂问题，如如何处理相似性低的区域和结构域。

8. 面试官：介绍新兴的深度学习方法在序列比对领域的应用及优势，如卷积神经网络和循环神经网络。

9. 面试官：请解释序列比对中的短读比对问题，并讨论在高通量测序数据中的挑战和解决方案。

10. 面试官：思考未来生物信息学中序列比对的发展方向和前景，包括挑战和机遇。