1. 面试官：请简要解释蛋白质序列比对的意义及其在蛋白质组学研究中的重要性。

2. 面试官：描述蛋白质序列比对中常用的算法（比如Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch算法），并比较它们之间的优缺点。

3. 面试官：什么是多序列比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）？如何应用多序列比对技术分析蛋白质序列中的保守区域和保守基团？

4. 面试官：解释动态规划在蛋白质序列比对中的作用，并说明其在算法中的具体实现步骤。

5. 面试官：对于蛋白质序列中的亚细胞定位信号进行序列分析，有哪些常用的工具和方法？请列举并解释其原理。

6. 面试官：如何利用蛋白质序列比对结果预测蛋白质的二级结构？讨论二级结构预测的准确性和可靠性。

7. 面试官：探讨蛋白质序列比对在功能注释和蛋白质进化研究中的应用。给出案例说明。

8. 面试官：解释BLAST算法在蛋白质序列比对中的原理和流程。讨论BLAST算法的优势和局限性。

9. 面试官：什么是蛋白质家族和保守域？如何进行蛋白质序列比对来探索蛋白质家族的演化历史？

10. 面试官：描述蛋白质序列比对中的参数设置对结果的影响，并谈谈如何根据具体研究问题选择合适的参数配置。