1. 面试官：请解释蛋白质结构预测的三种常见方法，并分别介绍它们的优缺点。

2. 面试官：你如何利用深度学习技术来改进蛋白质结构预测的准确性？请详细描述一种具体的深度学习模型。

3. 面试官：在蛋白质结构预测中，如何处理蛋白质序列中的缺失信息？你认为哪种方法最有效？

4. 面试官：请解释蛋白质折叠中的疏水效应及其在蛋白质结构预测中的重要性。

5. 面试官：为什么在蛋白质结构预测中，模拟蛋白质动力学是一种常用的方法？存在哪些挑战？

6. 面试官：你认为基于机器学习的蛋白质结构预测方法与基于物理化学原理的方法相比，优劣如何？

7. 面试官：如何利用蛋白质序列的进化信息来辅助蛋白质结构的预测？请说明具体的方法和原理。

8. 面试官：请解释蛋白质结构中的二级结构元素，并说明它们在蛋白质功能中的作用。

9. 面试官：在蛋白质结构预测中，如何评估预测结果的准确性？你认为哪种评估指标最具参考价值？

10. 面试官：请提出一种创新的方法，可以有效克服传统蛋白质结构预测中存在的挑战和局限性。