1. 面试官：请解释什么是基因组比对，以及其在生物信息学中的重要性。

2. 面试官：根据您的理解，基因组比对与序列比对有何区别？

3. 面试官：请说明全基因组比对和局部基因组比对之间的异同点。

4. 面试官：如何处理基因组比对中的重复序列？

5. 面试官：在基因组比对中，什么是匹配、错配和缺失？如何判断这些情况？

6. 面试官：请解释基因组比对中的Smith-Waterman算法，并说明其工作原理。

7. 面试官：基于您的经验，基因组比对中可能会遇到的挑战有哪些？如何克服这些挑战？

8. 面试官：请解释基因组比对中常用的算法之一——BLAST算法，并讨论其优缺点。

9. 面试官：为什么在基因组比对中经常会使用多序列比对？有哪些常见的多序列比对工具？

10. 面试官：请说明基因组比对在生物信息学研究中的应用和意义。