领域驱动设计（DDD）在项目中采用时，组织通过版本控制来促进跨团队沟通和协作，特别是在长期并行开发分支存在的场景下，可以通过如下几个方面来实现：

1. 微服务化和模块化设计：首先从架构上进行拆分，将业务领域划分为若干个子领域，每个子领域设计为独立的微服务或模块。这样每个团队可以专注于自己负责的子领域进行开发，减少跨团队之间的直接冲突。例如，一个电商系统可以分为用户管理、订单管理和库存管理等多个微服务，由不同的团队分别负责。

2. 明确的接口定义与版本管理：在模块或服务之间定义清晰的API接口，并通过版本号来管理接口的变化。当接口需要变更时，提供多个版本支持，使得调用方可以在适当的时间点进行迁移。这种方式可以保证在长时间并行开发过程中，各个团队之间的依赖关系不会因一方的改动而断裂。

3. 共享内核模式：对于需要多个团队共同维护的核心代码或组件，可以采用共享内核模式。即这部分代码由一个中心团队维护，其他团队使用但不直接修改。更新时通过正式的版本发布流程进行，确保所有使用方同步更新。

4. 持续集成/持续部署（CI/CD）：建立自动化测试和部署流程，确保每个团队的改动都能快速有效地集成到主干分支。这有助于早期发现和解决问题，减少后期集成时的大规模冲突。

5. 分支策略明确：制定明确的分支管理和合并策略，比如Feature Branching, GitFlow等工作流。对于长期存在的特性分支，定期回合并主干分支的更新，以保持与主分支的一致性，减少最终合并时的难度。

6. 增强团队间的沟通：通过定期的技术分享、跨团队会议等机制，加强团队间的了解和合作。特别是对于那些高度依赖其他团队成果的团队，需要更多地主动沟通和协调。

7. 使用pull request机制：通过pull request来进行代码审查和合并，不仅能够保证代码质量，也是促进团队间交流的好方法。团队成员可以在PR中提出问题、建议，促进更好的设计和实现。

综上所述，通过上述措施，组织可以在DDD项目中有效地利用版本控制促进跨团队的沟通和协作，确保项目的顺利推进。