处理可再生能源合同中的专利侵权纠纷，首先需要明确合同中关于知识产权的相关条款，这些条款通常包括双方就知识产权的归属、使用权限、侵权责任分配等方面达成的合意。处理此类纠纷时，可以遵循以下步骤：

1. 收集证据：包括但不限于专利证书、合同文本、双方交流记录等，用于证明是否确实存在侵权行为。
2. 内部评估：公司内部的法务或技术团队需要对涉嫌侵权的技术进行评估，判断技术的使用是否构成了专利侵权，以及使用的技术是否属于合同中允许的使用范围。
3. 沟通协商：基于评估结果，主动与合同对方进行沟通，试图寻找双方都可以接受的解决方案。这可能是调整技术使用方式、支付使用费、扩大许可范围等。
4. 外部咨询：若内部评估存在问题或不确定性，可以考虑咨询外部专利律师或专家，以获得更加专业、客观的法律意见。
5. 法律途径：如果通过协商不能解决问题，则可能需要通过法律途径解决纠纷，包括提起诉讼或仲裁。在准备诉讼或仲裁时，需要详细准备所有支持自己立场的证据材料，同时做好应对对方主张的准备。
6. 后续措施：无论结果如何，都应对整个处理过程进行总结，以便于未来避免类似问题的发生，比如调整合同条款、加强知识产权保护意识等。

例如，假设一家太阳能板制造公司在销售了一批带有某特定技术的太阳能板后，收到了来自另一家公司的侵权警告。该公司首先审查了与购买该技术许可的协议，确认了技术的使用限制。经过内部技术审核，发现部分太阳能板确实采用了超出协议范围的技术。于是，该公司主动联系了技术许可方，提出了通过支付额外许可费用的方式来解决纠纷的提案。经过多次协商，双方最终就技术使用费达成一致，避免了不必要的法律争端。

以上步骤并不是每次处理专利侵权纠纷时都必须严格遵循的程序，但它们为解决此类问题提供了一个基本框架。每个案件的细节不同，处理方式也可能需要适当调整。