在处理可再生能源发电许可证申请过程中可能出现的争议和纠纷时，应当遵循法律程序，确保所有方的权利得到公平处理。以下是一系列应对步骤和建议，以确保争议能以公正、有效的方式解决。

1. 了解相关法律法规：首先，项目经理或法律顾问需要详细研究国家及地方对可再生能源项目的具体规定，包括但不限于《可再生能源法》、《电力法》等相关法律法规，以及国家能源局和地方政府制定的相关政策文件。了解这些规定能够帮助申请人明确审批流程中的每一环节，以及如何在遇到争议时采取正确的行动。

2. 预防措施：在提交许可申请之前，通过召开公开听证会、环境影响评估等方式，主动与当地社区、政府部门和其他相关方沟通，收集意见和建议，提前发现并解决可能存在的问题或反对意见。

3. 建立内部审查机制：企业内部应设立专门的法律部门或团队，负责审查申请材料的合法性与完整性，确保所有提交给政府部门的文件符合法律要求，减少因资料不全或不符合规定而引发的争议。

4. 积极参与行政复议：一旦在申请过程中遭遇拒绝或其他不利决定，应立即评估是否具备申请行政复议的条件。根据我国《行政复议法》的规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，有权向有关行政机关提出复议申请。复议机关将在法定期限内作出复议决定。

5. 诉讼途径：如果通过行政复议仍未能解决问题，或者复议机关的决定仍然不合理，则可考虑向人民法院提起行政诉讼。根据《行政诉讼法》，人民法院将对被诉的具体行政行为进行审查，判断其是否合法，通过公正审判为争议双方提供最终解决方案。

6. 寻求第三方调解：在某些情况下，通过独立第三方（如行业协会、专业调解机构等）进行调解，也是一个有效的争议解决方式。第三方调解可以在双方自愿的基础上进行，帮助双方找到更加灵活、双赢的解决方案。

7. 持续沟通与信息透明：在整个争议解决过程中，保持与所有相关方的积极沟通，及时通报进展情况，保障信息的公开透明，有助于建立信任，促进问题的最终解决。

通过上述措施，可以在遇到可再生能源发电许可证申请过程中的争议时，有条不紊地进行处理，确保项目的顺利推进。